در پی آتش سوزی مسجدالاقصی ، روزنامه الجمهوریه چاپ بغداد در شماره 588 خود در تاریخ 1348/8/1تحت عنوان مرجع دینی حضرت آیت‌الله خمینی (ره) خواستند که مسجدالاقصی تجدید بنا نشود چنین نوشت:
حضرت آیت‌الله خمینی (ره) مرجع دینی، از کلیه مسلمانان خواستند که صفوف خود را در برابر دشمنان متحد سازند. حضرت آیت‌الله طی گفتگویی با خبرگزاری عراق اظهار داشتند: کنفرانس اسلامی که در این رابطه منعقد گردید، منشا خدمتی به سود مسلمانان نشد، بلکه به دشمنان اسلام کمک کرد زیرا این کنفرانس تلاش داشت که جنایات صهیونیسم، در آتش زدن مسجد الاقصی لوث شود. جای شگفتی نیست که کنفرانس مزبور با شکست مواجه شد، زیرا بعضی از شرکت‌کنندگان در این کنفرانس نیت صادقانه نداشتند و به علاوه تناقضاتی میان شرکت‌کنندگان در این کنفرانس وجود داشت.
حضرت آیت‌الله افزودند: تا زمانی که فلسطین اشغال شده، آزاد نشده است مسلمانان، مسجدالاقصی را نباید تجدید بنا کنند. بگذارند جنایت صهیونیسم همواره در برابر چشمان مسلمانان مجسم باشد و مایه حرکتی برای آزادی فلسطین گردد.»
امام خمینی (ره) ضمن بحث راجع به حکومت اسلامی در بهمن1348نیز نظر خود را راجع به آتش‌سوزی مسجدالاقصی و نقشه صهیونیستی و غارتگرانه‌ای که رژیم شاه در زیر پوشش جمع‌آوری اعانه برای تجدید بنای مسجدالاقصی دنبال می‌کرد، چنین بیان فرمودند:
«… مسجدالاقصی را آتش زدند، ما فریاد می‌کنیم که بگذارید مسجدالاقصی به همین حال نیم‌سوخته باقی باشد، این جرم را از بین نبرید؛ ولی رژیم شاه حساب باز می‌کند و صندوق می‌گذارد و به اسم بنای مسجدالاقصی از مردم پول می‌گیرد تا شاید بتواند از این راه استفاده نماید و جیب خود را پر کند و ضمنا آثار جرم اسرائیل را از بین ببرد…»
